Czesław Kiszczak oskarżony był w najgłośniejszym procesie o przyczynienie się do śmierci dziewięciu górników z kopalni Wujek, zabitych przez ZOMO w pierwszych dniach stanu wojennego. W procesie dotyczącym autorów stanu wojennego sąd wymierzył Kiszczakowi karę 2 lat więzienia w zawieszeniu za udział w "zorganizowanym związku przestępczym o charakterze zbrojnym".
Generał zeznawał także jako świadek w procesie swego byłego zastępcy w MSW, gen. Władysława Ciastonia, oskarżonego o kierowanie zabójstwem ks. Jerzego Popiełuszki. IPN zarzucał mu także utrudnianie i kierowanie na fałszywe tory śledztwa w sprawie śmiertelnego pobicia przez milicję Grzegorza Przemyka.
