W 2012 r. Kiszczaka skazano na 2 lata więzienia w zawieszeniu. Został oskarżony przez katowicki IPN o udział w związku przestępczym o charakterze zbrojnym, który przygotowywał stan wojenny. W 2014 r. Sąd Apelacyjny, na wniosek IPN, zlecił ponowne badania lekarskie Kiszczaka. Jego obrońca chciał uniewinnienia, umorzenia sprawy lub zwrotu sądowi I instancji. Pion śledczy IPN chciał utrzymania wyroku skazującego – z dodaniem, że Kiszczak popełnił zbrodnię przeciwko ludzkości. Na to sąd jednak nie przystał.
